COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 10.137419
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 10.403697
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.503785
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.687425
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 10.862450
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.048085
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.159992

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.272727 7.339968
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.500087
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 7.752618
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 7.890236
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 8.124916
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 8.298615
2021-05-04 17:00:00 5.494505 5.494505 8.446717

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 11.428571 3.899269 15.225530
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 15.061940
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 15.827656
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 16.444886
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 16.975294
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 17.525106
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 17.649171

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 10.325753 18.869084 10.422619
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 10.174223
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 10.039983
2021-05-07 17:00:00 12.704687 8.808583 9.993975
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 10.045729
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 10.194614
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.321338

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 16.365845 8.902671 8.428265
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.594500
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.737995
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 8.962227
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.199768
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.390978
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 9.610529

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.923856
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.543628
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.551349
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 21.282432
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.489489
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.510897
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 21.776104

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 6.859206 6.859206 5.458451
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 5.445157
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 5.603254
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.828417
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 6.244039
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 6.436232
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 6.743534

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 9.832273 3.892610 4.987239
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 5.022290
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 5.071555
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.149363
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.189924
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.249633
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.281532

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 6.082949 7.690418 7.831167
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 8.043762
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 8.164286
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.447570
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 8.727500
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.037653
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 9.246654

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 7.593123 9.189053 9.207518
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 9.244272
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 9.306172
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.425556
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.611305
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 9.838343
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 9.955030

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 10.654206 10.850377 11.009317
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.997913
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.841131
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.949853
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.997517
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 11.023908
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 11.029049

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.407332 3.854359
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 4.084053
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 4.281549
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 4.468414
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 4.712821
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.714286 4.881226
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.291391 4.920315

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 1.568627 26.470588 9.610390
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 9.356917
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 9.014112
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.599461
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 8.291571
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 7.915120
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 7.510002

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 9.677419 9.677419 9.919933
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 10.153340
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 10.634847
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 11.440271
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 12.238214
2021-05-05 17:00:00 2.505967 15.517241 13.353338
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 14.579011

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.276803 10.013588
2021-05-09 17:00:00 13.665743 9.064462 10.139839
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.295516
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 10.604000
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 10.966475
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 11.431147
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 11.652787

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 23.568702 83.349237 35.176591
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 33.999693
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 33.937355
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 33.714681
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 33.769047
2021-05-05 17:00:00 22.488957 36.777638 33.645601
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 33.017767

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 3.125000 1.164538 3.784545
2021-05-09 17:00:00 2.930005 1.873049 3.872081
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.020352
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.300686
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.503942
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 4.794805
2021-05-04 17:00:00 4.260549 4.260549 5.010845

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 9.309801
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.342899
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.476855
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 9.569269
2021-05-06 17:00:00 10.596844 10.596844 9.675434
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.797446
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 9.873175

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 11.646489 11.646489 8.460673
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 8.589536
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 8.582907
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.609435
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.691205
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 8.768401
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 8.797951

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.825521 12.741827
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.608022
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.233892
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 12.084684
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 11.918168
2021-05-05 17:00:00 13.617464 10.187110 11.763630
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 11.559301

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 35.849057 9.793814 13.700614
2021-05-09 17:00:00 3.652968 3.652968 14.088581
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 15.124208
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 15.818938
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 16.883233
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 17.567581
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 18.213489

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.791840
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.822231
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 15.233310
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 15.595597
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 16.170930
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 16.787499
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 17.315584

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 17.821782 3.272727 7.339968
Basilicata 11.428571 3.899269 15.225530
Calabria 10.325753 18.869084 10.422619
Campania 16.365845 8.902671 8.428265
Emilia-Romagna 23.585378 23.585378 19.923856
Friuli Venezia Giulia 6.859206 6.859206 5.458451
Lazio 9.832273 3.892610 4.987239
Liguria 6.082949 7.690418 7.831167
Lombardia 7.593123 9.189053 9.207518
Marche 10.654206 10.850377 11.009317
Molise 1.459854 0.407332 3.854359
P.A. Bolzano 1.568627 26.470588 9.610390
P.A. Trento 9.677419 9.677419 9.919933
Piemonte 11.902305 5.276803 10.013588
Puglia 23.568702 83.349237 35.176591
Sardegna 3.125000 1.164538 3.784545
Sicilia 8.243527 8.243527 9.309801
Toscana 11.646489 11.646489 8.460673
Umbria 13.740458 12.825521 12.741827
Valle d'Aosta 35.849057 9.793814 13.700614
Veneto 10.497238 10.497238 14.791840

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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